Na podlagi drugega odstavka 29. člena zakona o naravni in kulturni dediščini (Uradni list SRS, št. 1/81 in 42/86 in Uradni list RS, št. 8/90 in 26/92) in 99. člena zakona o upravi (Uradni list RS, št. 67/94) izdaja minister za okolje in prostor

Območje Škocjanskega zatoka, ki je enkraten primer, redkega in izredno ogroženega sredozemskega močvirskega biotopa z edino brakično vodo v Sloveniji, kjer prezimujejo, gnezdijo ali se na svoji selitveni poti ustavljajo številne vrste ptic, se začasno razglasi za naravno znamenitost.

Škocjanski zatok obsega območje od južnega roba ustja Badaševice v smeri JV po severovzhodnem robu zemljišča parc. št. 3883, k.o. Bertoki do železniškega nasipa, po njegovem severozahodnem robu v smeri SV do preliva med obema vodnima telesoma zatoka, kjer prečka železniški nasip ter nato poteka po njegovem jugovzhodnem robu v smeri JZ do roba zemljišča parc. št. 3882, k.o. Bertoki in po njem v smeri JV do severozahodnega roba obalne ceste ter nato po njem v smeri SV do višine jugozahodnega roba zemljišča parc. št. 679, k.o. Bertoki, kjer zavije v smeri SZ proti železniškemu nasipu in zatem poteka po njegovem jugovzhodnem robu v smeri JZ do preliva, tam prečka železniški nasip in nato poteka po njegovem severozahodnem robu v smeri SV do višine severovzhodnega roba zemljišča parc. št. 5858, k.o. Bertoki, kjer zavije v smer SZ in poteka po severozahodnih robovih zemljišč parc. št. 5858, 5845/1 in 5845/2, vse k.o. Bertoki, zatem po jugovzhodnem robu zemljišča parc. št. 5981/2, k.o. Bertoki vse do severovzhodne brežine prekopa, ki povezuje Škocjanski zatok z morjem, kjer zavije v smeri SZ do trase načrtovane ankaranske vpadnice (kartno gradivo sprememb in dopolnitev planskih aktov Občine Koper, 1992) in nato po njenem jugovzhodnem robu do jugozahodne brežine zatoka oziroma do zemljišča parc. št. 1547/1, k.o. Koper, kjer zavije v smer JV, prečka ustje Badaševice in se zaključi na južnem robu njenega ustja.
Meja zavarovanega območja Škocjanskega zatoka je določena na pregledni katastrski karti v merilu 1 : 5000, ki jo hrani uprava Republike Slovenije za varstvo narave.

Na območju Škocjanskega zatoka je prepovedano:
1. onesnaževati vodo z izpuščanjem tehnoloških, meteornih in komunalnih odpadnih voda, tekočih odpadkov in drugih tekočih snovi;
2. spreminjati kakovost vode in tal;
3. spreminjati vodni režim;
4. graditi ali postavljati objekte ali naprave;
5. odlagati ali odmetavati odpadke:
6. onesnaževati zrak z emisijami snovi, ki imajo vir v rezervatu;
7. uporabljati agrokemična sredstva za gnojenje in varstvo rastlin;
8. izkopavati, nabirati, poškodovati ali lomiti prostorastoče rastline ali uničevati vegetacijske formacije;
9. posegati v obrežno vegetacijo;
10. loviti, nabirati, preganjati, ubijati živali ali uničevati njihove razvojne oblike;
11. uničevati ali poškodovati gnezdišča ter prostore, kjer se živali zadržujejo, hranijo ali razmnožujejo;
12. spreminjati oblikovitost ali sestavo površja;
13. povzročati hrup, eksplozije ali vibracije ter umetno osvetljevati živali, njihova gnezdišča ali bivališča, kolikor ni to v neposredni zvezi z uporabo obstoječih infrastrukturnih in drugih objektov;
14. uporabljati kakršnokoli vozilo ali plovilo.

Ne glede na prepovedi iz prejšnjega člena se lahko na podlagi predhodnega soglasja Uprave Republike Slovenije za varstvo narave na zavarovanem območju Škocjanskega zatoka izvajajo naslednje dejavnosti:
– gradijo objekti, poti, mostovi in infrastrukturni objekti za potrebe promocije zavarovanega območja ter ureditve centra za obiskovalce;
– izvajajo posegi v obrežno vegetacijo z redčenjem, sekanjem in zasajanjem rastlinstva.

Ne glede na prepovedi iz 3. člena te odredbe lahko minister za okolje in prostor zaradi znanstvenoraziskovalnega dela fizičnim ali pravnim osebam dovoli:
– približevanje gnezdiščem ter prostorom, kjer se živali zadržujejo, hranijo ali razmnožujejo,
– lov ali nabiranje živali in rastlin.
Dovoljenje iz prejšnjega odstavka vsebuje tudi pogoje in način posega ter število osebkov posamezne vrste, ki se lahko odvzamejo iz narave.

Objekti na zavarovanem območju se lahko prenavljajo le na podlagi pridobljenega soglasja Uprave Republike Slovenije za varstvo narave.

Nadzor nad izvajanjem te odredbe opravlja Inšpektorat Republike Slovenije za okolje in prostor.

Ta odredba začne veljati 1. januarja 1997 in velja do 31. decembra 1997.