Dne 23. maja 1999 je začel veljati Sporazum med Vlado Republike Slovenije in Vlado Češke republike o sodelovanju pri zatiranju nedovoljenega prometa z mamili in psihotropnimi snovmi ter proti organiziranemu kriminalu in v boju proti terorizmu, ki je bil podpisan v Ljubljani dne 22. maja 1998 in je objavljen v Uradnem listu RS – Mednarodne pogodbe, št. 9/99 (Uradni list RS, št. 27/99).
Dne 25. 5. 1999 je začel veljati Protokol med Vlado Republike Slovenije in Vlado Republike Portugalske o spremembi 3. člena Sporazuma med Vlado Socialistične federativne republike Jugoslavije in Vlado Republike Portugalske o sodelovanju v pomorskem prometu z dne 28. 6. 1979 (objavljen v Uradnem listu SFRJ – Mednarodne pogodbe, št. 8/84), ki je bil sklenjen z izmenjavo pisem 23. 7. in 22. 8. 1997 ter objavljen v Uradnem listu RS – Mednarodne pogodbe, št. 17/98 (Uradni list RS, št. 70/98).
Z dnem uveljavitve zgoraj omenjenega protokola je dogovorjeno nasledstvo Sporazuma med Vlado Socialistične federativne republike Jugoslavije in Vlado Republike Portugalske o sodelovanju v pomorskem prometu z dne 28. 6. 1979 (objavljen v Uradnem listu SFRJ – Mednarodne pogodbe, št. 8/84) v besedilu, kot je spremenjeno s protokolom.
Dne 7. junija 1999 je začel veljati Sporazum o sodelovanju v izobraževanju in kulturi med Vlado Republike Slovenije in Vlado Združenih držav Mehike, sklenjen dne 23. septembra 1996 (Uradni list RS – Mednarodne pogodbe, št. 13/99; v: Uradni list RS, št. 36/99).
Dne 15. junija 1999 je začel veljati Sporazum med Vlado Republike Slovenije in Vlado Italijanske republike o sodelovanju na obrambnem področju, ki je bil podpisan v Bologni 9. septembra 1996 in je objavljen v Uradnem listu RS – Mednarodne pogodbe, št. 5/98 (Uradni list RS, št. 22/98).
Dne 9. julija 1999 je začel veljati Sporazum med Vlado Republike Slovenije in Vlado Japonske o ureditvi nealociranih obveznosti iz dolgov nekdanje Socialistične federativne republike Jugoslavije do Japonske, sklenjen 11. aprila 1997 (Uradni list RS – Mednarodne pogodbe, št. 16/99, v: Uradni list RS, št. 53/99).
Dne 6. julija 1999 sta začela veljati Sporazum med Vlado Republike Slovenije in Švicarskim zveznim svetom o mednarodnem cestnem prevozu oseb in blaga in Protokol k sporazumu, podpisana dne 15. oktobra 1998 in objavljena v Uradnem listu RS – Mednarodne pogodbe, št. 14/99 (Uradni list RS, št. 45/99).
Dne 29. julija 1999 sta začela veljati Sporazum med Vlado Republike Slovenije in Vlado Republike Madžarske o ponovnem sprejemu oseb na skupni državni meji, ki nezakonito bivajo na ozemlju druge države, podpisan v Ljubljani dne 5. februarja 1999 in objavljen v Uradnem listu RS – Mednarodne pogodbe, št. 10/99 (Uradni list RS, št. 28/99), ter Dogovor o izvajanju Sporazuma med Vlado Republike Slovenije in Vlado Republike Madžarske o ponovnem sprejemu oseb na skupni državni meji, ki nezakonito bivajo na ozemlju druge države, podpisan dne 6. maja 1999 v Ljubljani in objavljen v Uradnem listu RS – Mednarodne pogodbe, št. 15/99 (Uradni list RS, št. 51/99). Hkrati z dnem 29. julijem 1999 prenehata veljati Sporazum med Vlado Republike Slovenije in Vlado Republike Madžarske o prevzemu oseb na skupni državni meji ter Dogovor za izvajanje Sporazuma med Vlado Republike Slovenije in Vlado Republike Madžarske o prevzemu oseb na skupni državni meji, podpisana v Ljubljani dne 20. oktobra 1992 in objavljena v Uradnem listu RS – Mednarodne pogodbe, št. 4/93 (Uradni list RS, št. 14/93).
Dne 21. junija 2000 bo za Republiko Slovenijo začela veljati Konvencija o minimalnih normativih v trgovski mornarici (Konvencija ILO št. 147), sprejeta v Ženevi 29. oktobra 1976 ter ratificirana s strani Republike Slovenije dne 23. marca 1999 (Uradni list RS – Mednarodne pogodbe, št. 11/99; v: Uradni list RS, št. 33/99).